Les premiers symptômes peuvent faire penser à une crise de paludisme. Selon l'OMS, le chikunguya est une forme de Dengue, bien que les autorités sanitaires de différents pays préfèrent éviter cette appellation afin de préserver le tourisme. La maladie se déclare généralement par une très forte fièvre, parfois au-delà des 40°, durant environ 3 jours. Cette fièvre est suivie d'un érythème et de courbatures très douloureuses, agissant principalement sur les articulations durant 5 jours ou plus.
Les douleurs articulaires peuvent persister ou réapparaître pendant plusieurs mois. Une attention particulière doit toutefois être portée aux nourrissons : les douleurs bloquent souvent leur mâchoire, les empêchant de se nourrir.